本发明属于医药技术领域，涉及一种灭活tobS1-C基因功能的产阿泊拉霉素的工程菌及其应用，所述工程菌为黑暗链霉菌（Streptomycestenebrarius）T103，已于2011年11月30日在中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心登记保藏，保藏编号为CGMCCNo.5516，所述的工程菌用于制备抗菌药物。本发明获得了主产阿泊拉霉素，不再产生氨甲酰妥布霉素的工程菌，简化了生产工艺、降低了生产成本，同时还方便了产品的质量控制。