构建了基于单双链复合体策略的 DGGE 定性和定量分析新方法；构建PMA 结合传统FISH分析的活性微生物定量分析新方法；利用液相色谱技术分析肠道菌群和发酵食品微生物的新方法，中心将这些新方法从微生物生态学层面解析红曲黄酒等发酵食品体系，并拓展应用于其他发酵体系或肠道菌群微生态的解析。新方法有助于深入探究发酵食品中的微生物作用机制，并为监控和调整发酵过程奠定基础；新方法还可以应用于与健康息息相关的肠道菌群、病原微生物、环境微生物的分析检测中，应用前景广阔。

对微生物体系分析的新方法包括：

（1）构建单双链复合体改进传统PCR-DGGE 方法；

（2）PMA-FISH 技术对微生物体系中活性微生物的定量检测；

（3）液相色谱技术在菌株分离纯化中的应用。